De Novo Transcriptome Assembly, Gene Annotations, and Characterization of Functional Profiling Reveal Key Genes for Lead Alleviation in the Pb Hyperaccumulator Greek Mustard (Hirschfeldia incana L.) - Université Toulouse III - Paul Sabatier - Toulouse INP
Article Dans Une Revue Current Issues in Molecular Biology Année : 2022

De Novo Transcriptome Assembly, Gene Annotations, and Characterization of Functional Profiling Reveal Key Genes for Lead Alleviation in the Pb Hyperaccumulator Greek Mustard (Hirschfeldia incana L.)

Résumé

Lead (Pb) contamination is a widespread environmental problem due to its toxicity to living organisms. Hirschfeldia incana L., a member of the Brassicaceae family, commonly found in the Mediterranean regions, is characterized by its ability to tolerate and accumulate Pb in soils and hydroponic cultures. This plant has been reported as an excellent model to assess the response of plants to Pb. However, the lack of genomic data for H. incana hinders research at the molecular level. In the present study, we carried out RNA deep transcriptome sequencing (RNA-seq) of H. incana under two conditions, control without Pb(NO3)2 and treatment with 100 µM of Pb(NO3)2 for 15 days. A total of 797.83 million reads were generated using Illumina sequencing technology. We assembled 77,491 transcript sequences with an average length of 959 bp and N50 of 1330 bp. Sequence similarity analyses and annotation of these transcripts were performed against the Arabidopsis thaliana nr protein database, Gene Ontology (GO), and KEGG databases. As a result, 13,046 GO terms and 138 KEGG maps were created. Under Pb stress, 577 and 270 genes were differentially expressed in roots and aboveground parts, respectively. Detailed elucidation of regulation of metal transporters, transcription factors (TFs), and plant hormone genes described the role of actors that allow the plant to fine-tune Pb stress responses. Our study revealed that several genes related to jasmonic acid biosynthesis and alpha-linoleic acid were upregulated, suggesting these components’ implication in Hirschfeldia incana L responses to Pb stress. This study provides data for further genomic analyses of the biological and molecular mechanisms leading to Pb tolerance and accumulation in Hirschfeldia incana L.

Madame, Monsieur, Cette année, notre collège propose aux élèves de 4° et de3°( dans la limite de 58 inscriptions) un voyage à Prague en République Tchèque. Inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO, c'est l'une des plus belles villes du monde. Prague n'a jamais laissé un visiteur de marbre et nous sommes plusieurs professeurs à pouvoir vous le confirmer. En scannant le QR code ci-contre, vous pourrez avoir un aperçu de ce que vos enfants pourront visiter.

Les visites et activités prévues sont les suivantes :

-Chasse au trésor dans la vieille ville en visitant les plus beaux quartiers et le Pont Saint Charles.

-Visite du château.

-Visite et montée dans la Tour de l'Horloge avec vue sur toute la vieille ville.

-Concert de musique classique au Clementinum où Mozart a joué.

-Visite du vieux quartier juif.

-Promenade en bateau sur le fleuve Vltava qui traverse la ville.

-Visite guidée du camp de concentration de Terezin à une heure de route de Prague.

-Visite de plusieurs églises baroques de la ville : Notre Dame du Tyn, église Saint Nicolas.

Nous partirons en bus le dimanche 6 avril 2025 du collège en fin de journée et nous rentrerons le vendredi 11 avril en fin d'après-midi.

Le logement sur place se fera dans un hôtel-auberge de jeunesse dans la vieille ville.

Le prix sera probablement autour de 560 euros. Comme nous organisons le séjour nous-mêmes sans passer par une agence afin d'obtenir le prix le plus bas possible, nous ne pouvons pas encore vous indiquer le prix exact. Nous vous l'indiquerons environ un mois avant le départ.

Attention : Pour des raisons évidentes, le collège se réserve le droit de « désinscrire » du voyage tout élève qui poserait le moindre problème de comportement durant l'année scolaire. Nous espérons ainsi, avec votre concours, obtenir toujours le meilleur de chaque jeune et responsabiliser chacun dans son attitude et son savoir vivre en groupe.

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Citer

Said El Hasnaoui, Mouna Fahr, Mohamed Zouine, Abdelaziz Smouni. De Novo Transcriptome Assembly, Gene Annotations, and Characterization of Functional Profiling Reveal Key Genes for Lead Alleviation in the Pb Hyperaccumulator Greek Mustard (Hirschfeldia incana L.). Current Issues in Molecular Biology, 2022, 44 (10), pp.4658-4675. ⟨10.3390/cimb44100318⟩. ⟨hal-04721322⟩
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